NGS関連ツール:感染症

NGS関連ツール:感染症 最 新 情 報(英文)

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次世代シーケンサー、エクソーム、ctDNA、cfDNA、FFPE、メチレーション キャプチャ法により、ウイルス全配列の変異を効率良く検出。

SARS-CoV-2パネルでウイルス全配列を高感度検出。呼吸器系パネルで複数の病原体を同時に検出。
Comprehensiveパネルで新規ウイルスを発見。全て配列許容性あるキャプチャ法で、変異を監視。

 

次世代シーケンサー、エクソーム、ctDNA、cfDNA、FFPE、メチレーション 3種類のNGSパネルで、柔軟に実験ワークフローを提供。

SARS-CoV-2 NGS アッセイ RUOプロトコルなら、決まった核酸抽出、実験法、解析ソフト。
柔軟性1:ライブラリ調製は、核酸抽出、抽出後の核酸から選択可。
柔軟性2:キャプチャ法は、標準型および高速型から選択可、マルチプレックスにも対応。
NGSパネルはComprehensive Viralを含む3種類のカタログまたはカスタムパネルから選択可。

次世代シーケンサー、エクソーム、ctDNA、cfDNA、FFPE、メチレーション

 

次世代シーケンサー、エクソーム、ctDNA、cfDNA、FFPE、メチレーション さらに豊富なオプションで、系統解析まで。

実験コントロール:SARS-CoV-2 RNA(変異株対応)、呼吸器系ウイルス合成コントロール
解析ソフト:2種類(One Codex、Biotia)。カバレッジ、変異検出、クレード表示など。

次世代シーケンサー、エクソーム、ctDNA、cfDNA、FFPE、メチレーション

 

お客様の声

いまのところ、何千種類もの広範なウイルスを効率よく同定する手段は他にありません

キャプチャベースのSARS-CoV-2 ResearchパネルとComprehensive Viral Researchパネルを使っています。アンプリコンベースでは変異体に対応させたプライマーの改良が必要ですが、キャプチャベースでは変異があってもウイルスゲノム全体の濃縮が可能なため、変異解析を主とする疫学調査に適しています。ウイルス性病原体が何か分からない場合は、Comprehensive Viral Researchパネルを使っています。スパイクイン方式で新たなウイルスを追加することも非常に容易であることが分かりました。いまのところ、何千種類もの広範なウイルスを効率よく同定する手段は他にありません。

遺伝情報実験センター ゲノム解析室 講師 元岡大祐

 

仕様/技術情報

概要・製品シート
SARS-CoV-2 Researchパネル(感度が大きく向上しました、ソフトウェアもあります)
SARS-CoV-2 NGSアッセイ - RUO、ソフトウエア
Respiratory Researchパネル、ソフトウエア
Comprehensive Viral Researchパネル、ソフトウェア
技術資料(詳細情報お問い合わせください)
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New 最新の日本語資料の一括ダウンロードを用意しました。
  • アプリノート:Twist Respiratory Virus Research Panelを用いたウイルス性病原体のNGSターゲットエンリッチメント(標準ハイブリ&マルチプレックス)
  • アプリノート:New! ゲノム変異に強いアッセイを使った、重要なSARS-CoV-2変異株の正確なサーベイランス(高速ハイブリ&マルチプレックス)
  • アプリノート:New! Twist Comprehensive Viral Research Panelを用いた新規ウイルス検出(標準ハイブル&シングルプレックス)
  • テックノート:New! ハイブリッドキャプチャシーケンシングはアンプリコンシーケンシングよりもウイルスサーベイランスにおける堅牢性が高い(高速ハイブリ&マルチプレックス)
  • 実験に必要なものリスト
    • ライブラリ調製(SARS-CoV-2):Creating cDNA Libraries using Twist Library Preparation Kit for ssRNA Virus Detection(最新版)
    • New!ライブラリ調製(その他のウイルス):Twist Total Nucleic Acids Library Preparation Kit for Viral Pathogen Detection and Characterization(最新版)
    • Twist SARS-CoV-2 NGS Assay—RUO(最新版)

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    New!感染症ウイルス検出の新時代 A New Era of Detection of Viruses Causing Infectious Diseases​​ 大阪大学微生物研究所 感染症メタゲノム研究分​​野で取り組まれている、Comprehensive Viral Panelを用いたキャプチャベースのNGSアプローチなどについてご紹介します。
    ターゲットシーケンスによる変異検出の向上 Improved mutation detection with targeted sequencing:キャプチャベースのNGSアプローチがアンプリコンベースよりもカバレッジの均一性がどのように優れているかなど、SARS-CoV-2ゲノムの様々なNGSによるアプローチの比較結果も示されました。
    トピックス:Science Does Not Stop
    論文紹介:Comprehensive Viral パネル (2024)
    サンプル トピックス 雑誌名
    Urine 黄熱ワクチン接種後間もない旅行者が黄熱に感染、黄熱ワクチン関連臓器障害と一致する症状を呈した症例 Lancet Microbe
    RNA HIV感染症の進行患者が悪化した脳炎の症状で受診、活動性のデングウイルス脳炎を確認 Clinical Infectious Diseases
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