2023-11-20 / 最終更新日時 : 2024-06-03 twist

NGS関連ツール：RNAシーケンス

NGS関連ツール：RNAシーケンス 最新情報

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RNA Exome、UMI、RNA capture、isoform、fusion gene、RNA エクソーム、アイソフォーム、融合遺伝子、ハイブリ、hybridization、キャプチャ、capture、RNA-seq、RNAseq、カスタムパネル、fusion、VAF、family size、UMI、RNA depletion、cfRNA RNA用に最適化されたワークフローで感度と信頼性を向上。

Twist RNA Exomeで貴重なRNAからアイソフォームや融合遺伝子の検出力を向上。Twist rRNA ・ヘモグロビン除去とRNA Library prepキットで、ライブラリ調製時間を削減しリード数を増加。自動化にも順次対応中。

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お客様の声

一般的なPoly(A)+ RNA selection/enrichment法では、RNAの分解の程度と目的遺伝子産物の大きさによって 、mRNAの5’末端側の配列が取得できず、転写産物の全長トランスクリプトーム解析ができない場合を経験する。臨床的な検体からのRNAの場合には、この問題は深刻である。特に微量なRNAの解析の場合、rRNAなどを除去して残されたRNAに更にハイブリダイゼーションキャプチャー法を組み合わせて解析することで、低コストで目的を達成することも多い。

今回、Twist RNA Library Prep with DepletionキットとTwist社のハイブリキャプチャーを組み合わせて実施することで、次世代シーケンシングのリード数を抑えながら効率よく微量なターゲットRNAの解析が実施できた。特に全血由来のRNAの場合には、このキットを用いることで、赤血球由来のグロビンmRNAの除去も可能となる。様々な状態のRNA検体から、低コストに低発現遺伝子のターゲットRNA解析をパイプライン化して実施できるのは、この技術に慣れない研究者のみならず、臨床研究にとっても間違いなく朗報であろう。

公益財団法人かずさDNA研究所 ゲノム事業推進部 副所長 兼 部長 小原收

非侵襲的なcell-free RNA分析を次世代シーケンシングで網羅的に行う場合、cfRNA量が限られるため、mRNA全体像を解析する上での課題となっている。

今回、Twist RNA Library Prep キットとTwist RNA Exome（captureベイト）を組み合わせることで、微量のcfRNAからシーケンシングライブラリを作製でき、コーディング遺伝子の検出力の高いcfRNA解析が可能であることがわかった。再現性などの観点から、必要cfRNA量の基礎検討を進めることで、2〜20ngの微量cfRNAを用いてトランスクリプトーム解析を進めることが出来ると期待される。

国立成育医療研究センター 周産期病態研究部 周産期ゲノミクス研究室 室長 中林一彦

仕様／技術情報

製品シート
RNA Exome、UMI、RNA capture、isoform、fusion gene、RNA エクソーム、アイソフォーム、融合遺伝子、ハイブリ、hybridization、キャプチャ、capture、RNA-seq、RNAseq、カスタムパネル、fusion、VAF、family size、UMI、RNA depletion、cfRNA Twist RNA Exome（日本語版）
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技術資料
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  • 製品シート：  Twist RNA Exome（日本語版）
  • 製品シート： Twist RNAシーケンスソリューション（日本語版）
  • テクニカルノート：  遺伝子発現および新規融合遺伝子に対する効率的なExon-Aware RNA Capture（日本語版）
  • New! アプリケーションノート：非小細胞肺癌（NSCLC） FFPE サンプルからのバリアントコールに関するターゲット RNAシーケンシングワークフローの評価（日本語版）
  • 実験に必要なものリスト
    •  ライブラリ調製（Depletion/UDI）：RNA Depletion and RNA Library Preparation with Twist Universal Adapter System（Rev1：日本語版）
    •  ライブラリ調製（Depletion/UMI）：RNA Depletion and RNA Library Preparation with Twist UMI Adapter System（Rev1：日本語版）
    •  ライブラリ調製（UDI）：RNA Library Preparation with Twist Universal Adapter System（Rev1：日本語版）
    •  ライブラリ調製（UMI）：RNA Library Preparation with Twist UMI Adapter System（Rev1：日本語版）

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    • アズワン株式会社（お問い合わせ：i7001-37@so.as-1.co.jp）
    • 住商ファーマインターナショナル株式会社（お問い合わせ：info@summitpharma.co.jp）
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    RNA Exome、UMI、RNA capture、isoform、fusion gene、RNA エクソーム、アイソフォーム、融合遺伝子、ハイブリ、hybridization、キャプチャ、capture、RNA-seq、RNAseq、カスタムパネル、fusion、VAF、family size、UMI、RNA depletion、cfRNA  RNAエクソームならびにRNAカスタムパネルシークエンス Update 国立がん研究センター 中央病院・病理診断科/遺伝子診療部門で取り組まれている Twist RNAエクソームおよびRNAカスタムパネルシーケンスについてご紹介します。
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