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RNA Exome、UMI、RNA capture、isoform、fusion gene、RNA エクソーム、アイソフォーム、融合遺伝子、ハイブリ、hybridization、キャプチャ、capture、RNA-seq、RNAseq、カスタムパネル、fusion、VAF、family size、UMI、RNA depletion、cfRNA RNA用に最適化されたワークフローで感度と信頼性を向上。

Twist RNA Exomeで貴重なRNAからアイソフォームや融合遺伝子の検出力を向上。Twist rRNA ・ヘモグロビン除去とRNA Library prepキットで、ライブラリ調製時間を削減しリード数を増加。自動化にも順次対応中。

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一般的なPoly(A)+ RNA selection/enrichment法では、RNAの分解の程度と目的遺伝子産物の大きさによって 、mRNAの5’末端側の配列が取得できず、転写産物の全長トランスクリプトーム解析ができない場合を経験する。臨床的な検体からのRNAの場合には、この問題は深刻である。特に微量なRNAの解析の場合、rRNAなどを除去して残されたRNAに更にハイブリダイゼーションキャプチャー法を組み合わせて解析することで、低コストで目的を達成することも多い。

今回、Twist RNA Library Prep with DepletionキットとTwist社のハイブリキャプチャーを組み合わせて実施することで、次世代シーケンシングのリード数を抑えながら効率よく微量なターゲットRNAの解析が実施できた。特に全血由来のRNAの場合には、このキットを用いることで、赤血球由来のグロビンmRNAの除去も可能となる。様々な状態のRNA検体から、低コストに低発現遺伝子のターゲットRNA解析をパイプライン化して実施できるのは、この技術に慣れない研究者のみならず、臨床研究にとっても間違いなく朗報であろう。

公益財団法人かずさDNA研究所 ゲノム事業推進部 副所長 兼 部長 小原收

非侵襲的なcell-free RNA分析を次世代シーケンシングで網羅的に行う場合、cfRNA量が限られるため、mRNA全体像を解析する上での課題となっている。

今回、Twist RNA Library Prep キットとTwist RNA Exome(captureベイト)を組み合わせることで、微量のcfRNAからシーケンシングライブラリを作製でき、コーディング遺伝子の検出力の高いcfRNA解析が可能であることがわかった。再現性などの観点から、必要cfRNA量の基礎検討を進めることで、2〜20ngの微量cfRNAを用いてトランスクリプトーム解析を進めることが出来ると期待される。

国立成育医療研究センター 周産期病態研究部 周産期ゲノミクス研究室 室長 中林一彦

仕様/技術情報

製品シート
RNA Exome、UMI、RNA capture、isoform、fusion gene、RNA エクソーム、アイソフォーム、融合遺伝子、ハイブリ、hybridization、キャプチャ、capture、RNA-seq、RNAseq、カスタムパネル、fusion、VAF、family size、UMI、RNA depletion、cfRNANew! Twist RNA Exome(日本語版)
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  • 製品シート: New! Twist RNA Exome(日本語版)
  • 製品シート:New! Twist RNAシーケンスソリューション(日本語版)
  • テクニカルノート: New! 遺伝子発現および新規融合遺伝子に対する効率的なExon-Aware RNA Capture(日本語版)
  • 実験に必要なものリスト
    • New! ライブラリ調製(Depletion/UDI):RNA Depletion and RNA Library Preparation with Twist Universal Adapter System(Rev1:日本語版)
    • New! ライブラリ調製(Depletion/UMI):RNA Depletion and RNA Library Preparation with Twist UMI Adapter System(Rev1:日本語版)
    • New! ライブラリ調製(UDI):RNA Library Preparation with Twist Universal Adapter System(Rev1:日本語版)
    • New! ライブラリ調製(UMI):RNA Library Preparation with Twist UMI Adapter System(Rev1:日本語版)

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    • 住商ファーマインターナショナル株式会社(お問い合わせ:info@summitpharma.co.jp)
    トピックス  Twist RNA ワークフローの実施例(ウェビナー)
    RNA Exome、UMI、RNA capture、isoform、fusion gene、RNA エクソーム、アイソフォーム、融合遺伝子、ハイブリ、hybridization、キャプチャ、capture、RNA-seq、RNAseq、カスタムパネル、fusion、VAF、family size、UMI、RNA depletion、cfRNA New! RNAエクソームならびにRNAカスタムパネルシークエンス Update 国立がん研究センター 中央病院・病理診断科/遺伝子診療部門で取り組まれている Twist RNAエクソームおよびRNAカスタムパネルシーケンスについてご紹介します
    ターゲットエンリッチメント?Whole Transcriptome?ワークフローの選択について
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